2021年5月6日，中國科學院上海營養與健康研究院韓敬東研究組在Nature Aging期刊在線發表了研究成果“Aging-associated lncRNAs are evolutionarily conserved and participate in NFκB signaling”。該研究通過生物信息學方法分析了11個物種衰老相關的轉錄組數據，發現與衰老相關的lncRNAs具有更強的進化保守性，富集在功能相關的數據庫中，轉錄因子富集分析和功能預測分析發現與衰老相關的lncRNAs參與NFκB信號通路的調控，通過CRISPR功能篩選發現了13個與進化保守和衰老相關的lncRNAs可以調控NFκB信號通路，為提高健康衰老生活質量提供了重要的理論基礎和新思路。
衰老是機體不可避免的過程，表現為組織和器官的逐步衰竭與疾病和死亡風險的增加。在人類近200年的社會發展中，由于生活水平的提高和醫療資源水平的提升，雖然人類的期望壽命延長了近一倍，但健康壽命（healthspan）卻僅僅增加了4.6年。更長的壽命意味著患慢性病風險的增加，如心血管疾病和神經退行性疾病等，而衰老進程也影響了感知、運動和認知功能，從而降低了晚年生活質量（Partridge et al, Nature 2018）。轉錄組的改變作為衰老過程中重要的分子特征，可以作為各個器官功能衰退的分子標志物（Benayoun et al, Genome Research 2019）。通過高通量測序技術，研究人員揭示了在不同組織中衰老相關的基因表達譜（Cheng et al, PNAS 2018; Schaum et al, Nature 2020; Tabula et al, Nature 2020; Ahadi et al, Nat Med 2020），揭示在大腦、肝臟等組織的衰老過程中，轉錄組中蛋白編碼基因表達的變化主要與炎癥反應相關，同時強調將慢性炎癥指標作為衰老的標志物（Ori et al, Cell Syst 2015）。
目前關于轉錄組測序中與衰老相關的非編碼RNA功能鮮有報道，而在Gencode數據庫中非編碼RNA的數量比蛋白編碼基因更多，因此探索非編碼RNA在衰老過程中的表達發生變化的原因，了解其參與調控衰老過程的研究顯得尤為重要。
韓敬東研究組長期致力于衰老相關的機制研究。研究人員通過生物大數據分析發現衰老過程中lncRNAs的特性，并通過CRISPR功能篩選出能調控NFκB信號通路的衰老相關lncRNAs。基于研究組在衰老人群的腦和血液研究中獲得的相關轉錄組數據（Cheng et al, PNAS 2018; Xia et al, Nat Metab?2020）和NCBI數據庫中10個物種衰老相關的轉錄組數據，將11個物種的基因組進行同源比對和轉錄本相似性兩兩組合分析，得到這11個物種間的蛋白編碼基因和非編碼RNA的進化保守性狀態（圖1）。按照進化年齡構建出11個物種的進化樹，并把物種特異或保守數目標注在進化樹中，得知大部分lncRNA都有物種特異性，并識別出9032 (26%)個人的lncRNA保守到其它物種中，在衰老相關的蛋白編碼基因中顯著保守，并隨進化年齡富集程度增加；在血液衰老相關的lncRNA中，其保守程度也隨著進化年齡而增加；與腦部衰老相關的lncRNA的保守程度在脊椎動物中有所增加。同樣，功能相關的lncRNA會隨著進化年齡而出現富集程度的增加。為了研究與衰老相關的lncRNA是否受到更復雜的轉錄調控，研究人員掃描了轉錄因子在基因的啟動子區域，并計算其富集分數，發現與衰老相關的蛋白編碼基因和lncRNA的轉錄因子的富集程度比非衰老相關的基因更強，有40個轉錄因子的motif富集在9個脊椎動物與衰老相關的lncRNAs中，其中包含RELA，RUNX1和BCL6。
圖1. 11個物種間兩兩比對識別同源基因流程圖
為了研究與衰老相關的lncRNA的潛在功能，研究人員采用guilt-by-association方法基于與蛋白基因表達的相關性來預測lncRNA的功能。發現腦衰老上調的lncRNA與免疫功能相關，如NFκB信號通路和細胞因子受體；腦衰老下調的lncRNA與神經系統功能相關，如神經系統發育和突觸延伸；而血液衰老相關的lncRNA與NFκB信號通路和線粒體功能密切相關。由于預測的功能與蛋白編碼基因的功能高度相似，研究人員推測衰老相關的lncRNA與蛋白編碼基因被相似的信號通路調控，并對腦衰老和血液衰老的lncRNA做轉錄因子的motif富集分析，發現上調的lncRNA均富集了RELA的motif。通過REMAP ChIP-seq數據庫對lncRNA富集分析同樣發現NFKB1和RELA的顯著富集。為了研究與衰老相關的lncRNA是否具有調節NFκB信號通路的功能，在NFκB的報告細胞中通過CRISPR篩選調控NFκB的lncRNA，獲得了顯著調低GFP（p<0.05）的64個蛋白編碼基因和72個lncRNA。通過對72個GFP低的lncRNA注釋進化年齡、衰老相關性和啟動子區域的RELA motif，篩選出符合上述三個條件的13個與NFκB調控衰老相關的lncRNA (NFKBMARLs)，并對它們標上在TNFα的單核細胞和細胞衰老相關的反應，以研究其調節衰老相關表形，重點研究其中NFKBMARL-1對NFκB調控通路的信號機制（圖2）。采用ChIP-qPCR，RIP-qPCR技術識別NFKBMARL-1調節RELA結合NFKBIZ的啟動子區域，發現NFKBMARL-1參與了RELA的相分離過程。
圖2. NFKBMARL-1調控NFKBIZ的模式圖。
綜上，該研究發現了與衰老相關的lncRNA具有進化保守性。功能富集分析發現了與衰老相關的lncRNA的重要生物學相關功能，如癌癥相關的生存曲線、疾病相關的GWAS位點分布等。同時，與衰老相關的lncRNA有更多的轉錄因子富集在啟動子區域、更多的RNA結合蛋白富集在轉錄本上，并且在TAD區域中與衰老相關的RNA更加保守。更為重要的是，衰老過程上調的lncRNA富集了RELA轉錄因子，其功能在NFκB信號通路中富集顯著。通過對NFκB信號通路的CRISPR進行功能篩選，同樣富集在衰老相關的lncRNA中，具有更強的進化保守性。構建出13個NFKBMARLs，其中NFKBMARL-1在炎癥和細胞衰老過程中同樣顯著上調。一系列RNA分子生物學及組學實驗研究發現，NFKBMARL-1直接結合NFκB順式及臨近的NFκB下游基因NFKBIZ促進并放大NFκB信號，抑制NFKBMARL-1則能夠抑制NFκB的信號通路并遏制衰老相關的炎癥因子表達。
中國科學院上海營養與健康研究所、北京大學韓敬東研究組博士生蔡東宏為該論文的第一作者，韓敬東研究員為該論文的通訊作者。上述研究獲得了科技部、國家自然科學基金和上海市項目的資助。
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